Эффективность – важный параметр деятельности любого экономического субъекта, к оценке которого в современных условиях предъявляются особые требования. Проведен критический анализ стандартных методик оценки эффективности как отечественных, так и зарубежных практик. Обусловлена необходимость исследования эффективности деятельности хозяйствующих субъектов в соответствии с подходами, отличными от стандартного, поскольку в его рамках показатели часто повторяются и не дают системного представления об эффективности. Раскрыта значимость использования новых методик, а также выработки концептуального методологического подхода к пониманию термина эффективность. Новая методологическая концепция носит гибридный характер и включает классические экономико-­финансовые и институциональные методы, а также методы и подходы, взятые из управленческих и естественных наук. Основное внимание акцентируется на методиках, не использующих относительные показатели. В качестве результатов научного исследования представлена комплексная модель оценки эффективности деятельности экономического субъекта в современных условиях. Данная модель включает в себя показатели трех уровней: стандартного, качественного и синергетического. Разработанный концептуальный подход является системным и соответствует современным экономическим реалиям, снимая ограничения и претензии классических методик и относительных показателей эффективности.